Malaria merupakan masalah kesehatan masyarakat di Indonesia yang dapat
menyebabkan kematian terutama pada kelompok resiko tinggi yaitu bayi, anak balita, ibu hamil, selain itu malaria secara langsung menurunkan produktivitas kerja. Dengan demikian malaria berperan sebagai salah satu penyakit yang sangat mempengaruhi derajat kesehatan masyarakat, yang berdampak kepada masalah sosial ekonomi dan sosial budaya. Saat ini tujuan program pengendalian malaria di Indonesia adalah mewujudkan Indonesia bebas malaria di tahun 2030 secara bertahap dikenal dengan eliminasi malaria.
Untuk mengatasi masalah malaria, dalam pertemuan WHA 60 tanggal 18 Mei
2007 telah dihasilkan komitmen global tentang eliminasi malaria bagi setiap negara. Petunjuk pelaksanaan eliminasi malaria tersebut telah dirumuskan oleh WHO dalam Global Malaria Programme
Diperkirakan 70 % penduduk Indonesia berisiko tertular malaria. Malaria
merupakan salah satu penyakit yang mempengaruhi tingginya kematian bayi, anak balita, wanita hamil, dan dapat menurunkan produktivitas sumber daya manusia.
Daerah dengan kasus malaria klinis tinggi dilaporkan terutama di kawasan
timur Indonesia seperti di Papua, , NTB dan NTT, juga di Sulawesi, Kalimantan Barat, Bangka Belitung, Sumatera Selatan, Bengkulu dan Riau, sementara Maluku dan Maluku Utara sudah rendah kasusnya. Sejak lima tahun terakhir, angka kesakitan malaria menunjukkan penurunan. Di Jawa-Bali masih terjadi fluktuasi dari angka kesakitan malaria yang diukur dengan Annual Parasite Incidence (API) yaitu 0,95 ‰ pada tahun 2005 dan menurun lagi menjadi 0,16‰ pada tahun 2009 dengan berbagai kegiatan yang sangat aktif untuk meuju eliminasi malaria yang dilaksanakan bersama antara program nasional pencegahan dan penanggulangan malaria dengan pelaksana program di daerah2 diseluruh Indonesia . Namun terdapat beberapa wilayah di Jawa yang telah beberapa tahun stagnan, tidak ada kemajuan dalam menuju Eliminasi malaria. Angka kematian karena malaria berhasil ditekan dari 0,92‰ pada tahun 2005
menjadi 0,2% pada tahun 2009.Upaya untuk menekan angka kesakitan dan kematian dilakukan melalui program pencegahan dan pengendalian malaria, kegiatannya antara lain diagnosis dini, pengobatan cepat dan tepat, surveilans dan pengendalian vektor yang kesemuanya ditujukan untuk memutus mata rantai penularan malaria. Sejak tahun 1973 ditemukan pertama kali adanya kasus resistensi Plasmodium falciparum terhadap klorokuin di Kalimantan Timur. Sejak itu kasus resistensi P. falciparum terhadap klorokuin semakin meluas dan pada tahun 1990 resistensi telah terjadi pada seluruh propinsi di Indonesia, sehingga penggunaan klorokuin untuk pengobatan malaria dihentikan dan diganti dengan ACT- Artessunate Combination Therapy pada tahun 2002.